据报道，只有不到3／4的Windows NT4程序可以运行在Windows Server 2003。这种情况会导致什么麻烦谁仍然使用NT4用户。
微软Windows官方Rob Short代码识别在Windows Server 2003测试中，1 4 NT Windows Server 2003在程序中无法运行。他说，我们希望能够兼容大多数程序，但我们遇到了安全问题。现在可以在新系统上运行的NT程序的比例是60%，而不是90%。
微软希望Windows NT 4引入机会推出Windows Server 2003升级用户。微软，原定取消Windows NT 4今年早些时候，后来推迟日期2005年1月来自用户的压力下，Mark Tennant的微软Windows服务器产品部市场经理，告诉ZDNet英国：我们希望用户从NT4平台升级到Windows Server 2003，Windows Server 2003是人们期待已久的操作系统，很多网友也期待交换2003。据悉，Exchange 2003将于今夏上市。
微软没有透露哪些程序不能运行，但很可能会建立一个身份验证系统。
启动Windows Server 2003的同时，短透露微软已培养黑客程序员，即使是微软雇佣黑客确保Windows操作系统的新版本的安全。他说：我们将公司8至10的程序员最好去扮演黑客的角色，我们让他们攻击的系统，所有的这些措施都是为了确保新的安全软件，短说：Windows Server 2003的安全性提高了10至100倍，比原来的产品。
微软也称赞Unix和Linux。肖特说：UNIX安全补丁的工作比我们做得好，我们对安全补丁工作不满意。
