二级科目是挂借在总账科目下的，而核算项目则是以科目为核算节点，下设明细子目，这样可以在统一科目的基础上区分不同的项目，进行项目明细核算，比如：在建工程按核算项目：在建工程——A工程，B工程等，在A工程下再区分“建安工程投资、待摊投资、设备投资、其他投资等，若设二级明细，总账余额表会拉的很长很长###这是个平面与立体的区别。
例如应收账款、其他应收款、预收账款等往来科目都需要核算客户，一、设置明细的科目核算所有涉及客户的科目都得设置，查询某个客户信息得多个账户查询。二、用项目核算中的客户项目只要在相关往来科目中设置核算项目为“客户”即可，查询某个客户信息只需选择客户，即可获得客户相关的全面信息。
并且核算项目是可以多选得，可以立体查询。如：往来科目根据需要设置为：客户、部门、职员的核算。
不过金蝶KIs版本挂两个及以上项目，显示效果不佳，不如用友U8。###没有什么太大的区别，只是查看账表有不同的查询方式。
###同意楼上回答。
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